地下水井應依水利法第29條規定申請，未經核准者，擅自鑿井取水者，依水利法第93條規定，處新台幣4000元以上，2萬元以下罰鍰。

1、水井係為了抽汲地下水之建造物，故於興辦前就須依法提出申請許可，而既已存在者，仍須補申請。
2、不論是家用水井、工業用水井或公共使用之水井，皆須依水利法提出申請許可。

建築時所鑿之水井也是需要來本府辦理水權登記，依據水利法所規定審查，審核完畢會核發臨時用水水權狀。

溫泉開發許可辦法第2條規定，溫泉取供事業開發溫泉，應附土地同意使用證明，並擬具溫泉開發及使用計畫書、溫泉使用現況報告書或簡易溫泉開發許可申請書，向縣政府工務處(下水道科)申請開發許可。

依據溫泉法第3條符合溫泉標準之溫泉、冷水、氣體或地熱稱為溫泉。本市目前已核發溫泉水權狀業者有：宏嘉投資股份有限公司(位於國家藝術園區內）
新竹市無溫泉露頭，故無劃設溫泉區。

興建自用農舍應符合「農業用地興建農舍辦法」第三條之資格，即需向農地所在地鄉鎮(區)公所申請農地農用證明(第5款)及無自用農舍證明(第4款)，有關需檢附資料請洽當地公所辦理。若起造人戶籍為新竹市者，無自用農舍證明請向本府申請。
應檢附之資料為建築法第30、31、32條及「農業用地興建農舍辦法」第5條及「新竹市建築管理自治條例」第12條所規定之資料並檢附農地農用證明及無農舍證明等提出申請。

請按照內政部公布之實施區域計劃地區建築管理辦法第五條、第六條新竹市建築管理自治條例第十八條及行政院農業委員會頒布之農業發展條例第十八條規定辦理，建築面積不得超過其耕地面積百分之十，最大面積不得超過三百三十平方公尺，總樓地板面積不得超過四百九十五平方公尺，高度不得超過三樓及不得超過十、五公尺。
需具備的文件如下：
一、現耕農身分證明
二、無自用農舍證明
三、地籍圖謄本
四、土地權利證明文件
五、基地位置圖
六、比例尺不得小於一千二百分之一的農舍配置圖
七、比例尺不得小於百分之一的農舍平面立面、剖面圖。
採用政府制定的標準圖者免附農舍的平面、立面、剖面圖，原有農舍拆除改建、增建、重建者免附無自用農舍證明。